Pada tanggal 24 Februari 2025, perwakilan dari Laboratorium Terpadu, Fakultas Kedokteran, Universitas Sumatera Utara yaitu Edy Wiranto, S.Si., M.Biomed. menghadiri workshop pelatihan bertajuk “Genomics Epidemiology of Viral Pathogens” yang diselenggarakan di Shaw Foundation House, National University of Singapore’s Main Campus, Singapura. Acara ini diinisiasi oleh Asia Pathogen Genomics Initiative (Asia PGI) melalui Centre for Outbreak Preparedness (COP) Duke-NUS Medical School, bekerja sama dengan Chan Zuckerberg Biohub (CZI Biohub), A*STAR Bioinformatics Institute, dan Duke-NUS Programme in Emerging Infectious Diseases. Workshop berlangsung selama 4 hari hingga 27 Februari 2025, dan diikuti oleh 28 peserta dari 16 negara di seluruh dunia.
Workshop dibuka oleh Dr. De Alwis Ruklanthi selaku Wakil Direktur Centre for Outbreak Preparedness, dan Patrick Ayscue, D.V.M., perwakilan dari CZI Biohub, dengan La Moe sebagai koordinator acara. Kegiatan ini dipandu oleh fasilitator dan pelatih dari berbagai institusi, antara lain Paul Oluniyi dan Gowtham Thakku (CZI Biohub), Zhu Feng (Duke-NUS), Sandy Tze Min Makk dan Yi Hong Chew (A*STAR Bioinformatics Institute), Md Mobarok Hossain (International Centre for Diarrhoeal Disease Research, Bangladesh / icddr,b), Carlo Lapid (Philippine Genome Center / PGC), serta Judith Wong (National Environment Agency, Singapura).
Workshop ini berfokus pada penerapan bioinformatika untuk analisis data sekuensing. Kegiatan diawali dengan materi pengantar mengenai dasar-dasar epidemiologi genomik, termasuk pemanfaatan data genomik yang dikombinasikan dengan metadata individu untuk mengidentifikasi faktor demografis dan genomik yang memengaruhi pola penularan patogen. Selain itu, peserta juga akan mendapatkan pelatihan khusus terkait pemilihan kualitas sampel sebagai input, pengoperasian perangkat lunak bioinformatika, metode analisis bioinformatika, serta pengolahan data dari teknologi Next-Generation Sequencing (NGS) untuk menghasilkan output seperti visualisasi hubungan filogenetik. Di akhir kegiatan, peserta diharapkan mampu menginterpretasikan data tersebut guna mendukung intervensi kesehatan, alokasi sumber daya, serta perumusan kebijakan dalam konteks surveilans berbasis indikator dan respons terhadap wabah. Dengan integrasi data sekuensing ke dalam program surveilans patogen, upaya pengendalian wabah di masa mendatang diharapkan dapat dilakukan lebih dini dan dengan dampak seminimal mungkin.
*Demonstrasi hasil analisis bioinformatika pada workshop berupa pohon filogenetik (kiri) dan peta transmisi global (kanan) untuk Virus Zika periode 2001–2021.